破關後

1. 得到:救出艾里希博士破關(拷問時放棄)。
2. 得到:救出梅鈴破關(拷問時不放棄)。
3. 得到:破關前取得破關。
4. 破關後在OPTION中多了一項介紹特攻神諜2劇情的選項。
5. 破關後在SPECIAL中多了一項可改變遊戲畫面中有無右上角雷達，可調ON或OFF。
6. 若第一及第二輪分別救梅鈴及艾里希博士，第三輪遇見忍者身上的強化骨骼會變成紅色。
7. 完成第6項，第三輪破關時，破關畫面會有新的歌曲(節奏DJ中的Metal Gear Solid)。
8. 獲得評價FOX:被發現數4次以下、殺敵數25個以下、軍糧使用1個以下、3小時內破關、接關數0次。
9. 獲得最高評價BIG BOSS:在不使用雷達的狀況下完成上述第8項破關。
10.破關後檔案存起來到的項目可進入主觀模式喔。
　(★按△2次進入主觀，按△2次離開主觀，主觀時撿道具要蹲下)
11.全破兩次後檔案存起來(此時檔案是紅色的)再玩第三次Snake和梅鈴會以不同的服裝出現哦。
12.若若第一及第二輪分別救梅鈴及艾里希博士，到的可把特攻神諜當電影來觀
　賞，有梅鈴及艾里希博士兩篇。
13.破關後檔案存起來再玩一次敵人的配置位置又不一樣了。



與梅鈴行動

1. 若與梅鈴一起行動時攻擊她，她會賞予掌摑。
2. 按三角形鈕以主觀視點凝視她，梅鈴會臉紅，若是繼續她會說一些害臊的話。
3. 在梅鈴進廁所的5秒內尾隨進入，可看到梅鈴褲子還沒換好。
4. 在獨房進通風口窺視梅鈴可看她在鍛鍊身體，若出來再進入並反覆此動作可看到不同的姿勢。
5. 在梅鈴被螳螂洗腦時，按△可轉換成她的主觀視點，進所長室後會變為螳螂的視點。
6. 通過狼犬洞窟遇見梅鈴，先揍她一拳再馬上裝備偽裝箱，此時小狼犬會在箱子撒尿，以後可裝備這偽
　裝箱安全通過狼犬區。
7. 當梅鈴帶領通過地雷區時，若怕踩到地雷可用趴著通過順便回收地雷。



CAMERA照相機(42張靈異照片位置)

裝備可在遊戲中拍到42張靈異照片，皆是特攻神諜工作人員的照片，請見下表

搬入倉庫→停機坪
搬入倉庫的海面 停機坪南邊海上的水平線 停機坪核廢棄所正面正上方天空
停機坪左下通風口前打瞌睡的士兵 停機坪由東側照核廢棄所正大門 　
戰車格納庫→武器庫南
戰車格納庫2F通風口的盡頭 戰車格納庫打開電梯門的正面(北面) 獨房假DARPA局長屍體
獨房被梅鈴擊昏的士兵 武器庫南貝卡社長被綁的柱子 武器庫南貝卡社長屍體左方牆壁
武器庫南隱藏通道Lv.4房間南側牆壁 　 　
溪谷→核保存棟
溪谷M-1戰車戰Snake最初躲的岩石 溪谷的儲水暗渠內側 核保存棟打開電梯門的正面(北面)
核保存棟的兩個核彈頭 核保存棟正在 ..

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