1、内阁文库与德川幕府藏书
内阁文库为日本国立公文书馆下属。馆内所藏汉籍，基本上由幕府时代的“红叶山文库”、昌平黉和江户医学所旧藏这三部分组成。其历史可以追溯到丰臣秀吉时代和其后的德川幕府时代的“红叶山文库”。十六世纪末，关白丰臣秀吉的养子丰臣秀次随丰臣军征服关东时，将利足学校连同藏书一起运往京都。又将原藏于金泽文库的包括宋元版的全部藏书，称名寺的宋版经卷，镰仓古寺院的大量墨宝也一并带回京都。丰臣的家将们也协助秀次搜集，将万历朝鲜战争中朝鲜半岛掠夺的朝鲜古籍和宋版提供给秀次。秀次也成为16世纪末日本最大的藏书家。

1591年将关白之位让给养子丰臣秀次，自称太阁。1598年丰臣秀吉去世，位居五大老之首的德川家康与秀次争夺领导权。1615年5月大今大阪之役，丰臣秀次战败自杀。秀次的藏书尽归德川。德川家康将原利足学校的藏书和金泽文库送回关东旧址，其余余下的书籍藏于自己的红叶山文 ..

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2、宫内厅书陵部
现在称作宫内厅书陵部图书馆，二战前称为宫内省图书寮。建立于明治十七年（1884），其藏书由献纳和接受两种来源。如昭和二十四年三月，一次接受的书籍仅汉籍就有18384册10568帖，以红叶山文库的藏书为主献纳较多者如古贺家之藏书（古贺精里、古贺侗庵、古贺茶溪）于明治二十二年献纳于宫内厅书陵部德山藩主毛利元次亦于明治二十九年将其中善本献于宫内省。宫内厅书陵部的汉籍藏书经神田喜一郎整理编目，分别出版有《帝室和汉图书目录》、《增加帝室和汉图书目录》、《图书寮汉籍善本目录》。

3、日本国立国会图书馆
“国立国会图书馆”是日本的中央图书馆，其前身是“东京书籍馆”，开设于明治八年（1873）。明 ..

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除人文科学研究所外，其附属图书馆以及京都大学各部图书馆内也存有汉籍。如文学部，其《铃木文库》、《狩野文库》、《今西文库》等个人文库内的汉籍都相当丰富。但遗憾的是：自1959年编成的《京都大学文学部汉籍分类目录第一》以来，反映新增汉籍的新书目一直没有公开刊行。

5、东京大学东洋文化研究所
东洋文化研究所的汉籍，是以大木贯一、长泽规矩也、仁井田升等藏书的受赠和购入开始，再加上一九四八年东方文化学院并入东洋文化研究所时移交的图书为基础。东方文化学院在一九二九年曾购得中国藏书家徐则恂“东海藏书楼”的藏书四万余册，在移交时图书有103,587册。至于各方捐书及购得的私人藏书以下列几个“文库”最为重要：“大木文库”，系 ..

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