臨床應用抗生素時必須考慮以下幾個基本原則：
（一）嚴格掌握適應症凡屬可用可不用的儘量不用，而且除考慮抗生素的抗菌作用的針對性外，還必須掌握藥物的不良反應和體內過程與療效的關係。
（二）發熱原因不明者不宜採用抗生素除病情危重且高度懷疑為細菌感染者外，發熱原因不明者不宜用抗生素，因抗生素用後常使致病微生物不易檢出，且使臨床表現不典型，影響臨床確診，延誤治療。
（三）病毒性或估計為病毒性感染的疾病不用抗生素抗生素對各種病毒性感染並無療效，對麻疹、腮腺炎、傷風、流感等患者給予抗生素治療是無害無益的。咽峽炎、上呼吸道感染者90%以上由病毒所引起，因此除能肯定為細菌感染者外，一般不採用抗生素。
（四）皮膚、粘膜局部儘量避免反應應用抗生素因用後易發生過敏反應且易導致耐藥菌的產生。因此，除主要供局部用的抗生素如新黴素、桿菌外，其他抗生素特別是青黴素G的局部應用儘量避免。在眼粘膜及皮膚燒傷時應用抗生素要選擇告辭適合的時期和合適的劑量。
（五）嚴格控制預防用抗生素的範圍在下列情況下可採用預防治療：
1．風濕熱病人，定期以抗生素消滅咽部溶血鏈球菌，防止風濕熱復發。
2．風濕性或先天性心臟病進行手術前後用適當的抗生素，以防止亞急性細菌性心內膜炎的發生。
3．感染灶切除時，依治病菌的敏感性而選用適當的抗生素。
4．戰傷或複合外傷後，採用抗生素以防止氣性壞疽。
5．結腸手術前採用抗生素作腸道準備。
6．嚴重燒傷後，在植皮前應用抗生素消滅創面的溶血性鏈球菌感染。或按創面細菌和藥敏結果採用適當的抗生素防止敗血症的發生。
7．慢性支氣管炎及支氣擴張症患者，可在冬季預防性應用抗生素。
8．顱腦術前1天應用抗生素，可預防感染。
（六）強調綜合治療的重要性在應用抗生素治療感染性疾病的過程中，應充分認識到人體防禦機制的重要性，不能過分依賴抗生素的功效而忽視了人體內在的因素，當人體免疫球蛋白的品質和數量不足、細胞免疫功能低下，或吞噬細胞性能與品質不足時，抗生素治療則難以秦效。因此，在應用抗生素的同進應盡最大努力使病人全身狀況得到改善；採取各種綜合措施，以提高機體低抗能力，如降低病人過高的體溫；注意飲食和休息；糾正水、電解質和堿平衡失調；改善微循環；補充血容量；以及處理原發性疾病和局部病灶等。

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