行政程序法
第   11   条 行政机关之管辖权，依其组织法规或其他行政法规定之。
行政机关之组织法规变更管辖权之规定，而相关行政法规所定管辖机关尚
未一并修正时，原管辖机关得会同组织法规变更后之管辖机关公告或迳由
其共同上级机关公告变更管辖之事项。
行政机关经裁并者，前项公告得仅由组织法规变更后之管辖机关为之。
前二项公告事项，自公告之日起算至第三日起发生移转管辖权之效力。但
公告特定有生效日期者，依其规定。
管辖权非依法规不得设定或变更。


其中自公告之日起算至第三日，请问始日有算入吗 ？

法条用语既是「自公告之日起算」，所谓「公告之日」就是公告的那一天，也就是开始公告的那一天，当然要算进去啰。
另参中央法规标准法第１３条，也是作同样的解释。

没错
补充一下
中央法规第13条 法规明定自公布或发布日施行者,自公布或发布之日起算至第三日起发生效力。