由於周邊生物時鐘具有自主性的發現，使得「時差」這種現象變得更容易理解。雖然體內的間距計時器就像馬錶一樣，可以在瞬間進行調整，但日變週期對於白晝長短或時區的急遽變化，則需要好些天甚至幾週的時間才能適應。新的光週期會逐漸重新設定SCN時鐘，但體內其他的時鐘則未必能亦步亦趨，於是，我們的身體不只是單純地落後而已，而是同時間有十來個各不相同的落後步調。

時差不會一直持續下去；理論上，所有不同的計時器終究都會調整成一致的步伐。但是對輪班的工作者、夜生活愛好者、大學生以及其他夜貓子來說，則面臨更糟的時間困境；他們可以說是「生理上的兩面人」。就算他們在白天有充分的時間闔眼，但其內在韻律仍然受到SCN的管轄；因此，身體內在的功能仍然在夜裡「睡著」。美國俄勒崗健康科學大學的陸伊說：「你可以隨自己的意思早一點或晚一點上床睡覺，但你可不能隨意就讓褪黑激素早一點或晚一點分泌；皮質醇及體溫的變化也一樣。」

在此同時，這些人的飲食及運動習慣，也可能將他們身體周邊的時鐘給重新設定，其相位與睡–醒週期或光暗週期完全不同。由於同時間內身體裡有那麼多不同的時區並存，也難怪從事輪班制工作的人較常出現心臟病、抱怨胃腸道不適，還有想當然耳，睡眠障礙的病例。

四時皆宜的時鐘

飛越時區造成時差及從事輪班制工作，是在短時間把內在日變時鐘與外界光暗週期或睡–醒週期的相位攪亂的特殊情況；但同樣的情事可能在每年季節變換時都會發生，只不過沒那麼突然罷了。研究顯示，雖然人們就寢的時間會有所變動，但早晨起床的時間一年到頭卻相當固定；通常是受到他們的狗、小孩、父母或是事業所逼。許多生活在緯度較高地區的人，到了冬季會在天亮前2~3小時起床。因此，他們的睡–醒週期與他們從太陽光得來的訊號，就差了好幾個時區。

白晝的長度與日常生活的不協調，可能造成一種稱為「季節性情緒失常」（SAD）的症候群。單是美國一地，每年從10月到3月之間，每20位成年人當中就可能有一位罹患SAD，出現體重增加、冷漠及疲倦等抑鬱的症狀。住在北方的人出現這種情況，要比住南方的人常見10倍。雖然SAD是季節性出現的毛病，但某些專家懷疑，這其實是日變週期出了問題。陸伊的實驗顯示，SAD病人在冬天如果能睡到天亮才起身，將可脫離抑鬱之苦。以他的觀點，SAD不盡然是種病症，而是睡–醒週期隨著季節韻律而產生的適應。陸伊說：「如果我們能隨著季節改變每日的作息時間，可能就不會出現季節性抑鬱了。要是我們不能做到日出而作、日入而息，問題也隨之出現。」

現代社會之所以不怎麼重視季節韻律的變化，部分原因是人類屬於對季節最不敏感的生物之一。比起其他動物所經驗的年度週期變化，好比冬眠、遷徙、蛻毛及交配等，SAD根本不算什麼。交配尤其是動物主要的節拍器，所有其他的季節性週期都跟著它走。這些季節性週期可能也受到日變時鐘的調節，該時鐘具有偵測白天及夜晚長度變化的能力；譬如說，冬季的漫漫長夜經由SCN及松果腺的感知及轉換，會延長了褪黑激素的分泌，反之到了夏季，褪黑激素的分泌也就縮短。曼內克說：「倉鼠可以分辨白晝長度為12小時及12小時15分鐘的差別，牠們的睪丸只有在白晝稍長一點的時候才生長，否則萎縮。」

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