藥物治療

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Danazol & GnRH agonist (Zoladex)對緩解子宮內膜異位症的疼痛有不錯的效果。藥物能使病灶組織的活躍性降低並使之縮小。當病灶小於5-6mm時，腹腔液對此病灶有控制、調節的作用。因此，如何保持病灶在一定的小範圍內，使疼痛得到長時期的緩解，是藥物治療子宮內膜異位症的一個重要觀念。但值得一提的是，此疼痛症狀於停藥一年以上再復發的機會很高。手術治療在子宮內膜異位症仍佔重要的地位。術前以藥物－Zoladex (3.6 mg/Month) or Danazol (400mg/Day) 治療三個月，可使病灶的血流減少有利病灶的切除。不宜動手術的患者，可用藥物治療6-12個月，再持續間隔治療之。
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手術治療

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完全而徹底的將所有病灶切除雖然費時，但對於子宮內膜異位症的治療非常重要。因為將病灶完全而徹底的切除可使復發的機會大大的降低，80%的疼痛患者可達五年以上的緩解，懷孕率達67% 以上。為使病灶能達到完全而徹底的切除，有時必須切去部份腸道、腸壁、或輸尿管。因此，手術前的備腸很重要。切除手術中不能光靠裸視就能判斷病灶的深度及範圍，用腹腔鏡二氧化碳雷射刀切除病灶可減少出血，用剪刀切除病灶可運用好的觸診。用腹腔鏡二氧化碳雷射刀切除病灶時，不要用熱凝術或氣化術。手術若安排在經期中，有利深層病灶侵犯範圍的確定，增進治療效果。各方研究指出，子宮內膜異位症是一種與免疫學關係密切而又非局部性的免疫疾病，因此用免疫調節治療法來治療子宮內膜異位與不孕症將是明日之星。