目前我想架两个网站
一个是用plog的Weblog网站，另一个是用xoops的论坛
但是这两套软体对中文的编码方式好像不同
plog是采用UTF8编码的方式
xoops是采用Big5编码的方式
那这样我的MySQL在编译的时候charset是要用Big5为主还是要用UTF8为主好呢？

跟您说个概念好了~!
第一. 您的mysql不会管您所使用的编码是哪一种,存入资料库的资料是依据您的程式而定.
第二. 目前可以找到两种编码互换的程式,您可以自行转换您想架设的这两种套件的编码.

至于,Mysql charset 如果用Big5 确实可以减少冲码的麻烦(不过还是一样有冲码的机会),但是目前如果您是Unix-Like作业系统建议您还是转用UTF-8.
还有,如果存入Mysql的资料原本如果是BIG5 也可以在备份后将备份的档案直接用程式转换成UTF-8 再存回去/