對於UD的疑問??

最近才開始 run UD
有些疑問想請前輩們解答
1. 有辦法可以知道所下載運算的蛋白質名稱嗎??
2. UD在計算蛋白質結構是利用什麼原理??
  (可以由分生 or 物理的方面幫我做解答嗎,謝謝)
3. UD運算所得的結果最後會放在像PubMed or Proteindatabank這樣的網站供全世界的研究人員使用嗎?
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也許您可以到UD官方的消息留言版去找尋相關資料,或是提出問題,應該可以得到您所想要的答案~

http://forum.grid.org/phpBB/

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下面是引用Fanc於2006-04-28 23:19發表的 對於UD的疑問??:
最近才開始 run UD
有些疑問想請前輩們解答
1. 有辦法可以知道所下載運算的蛋白質名稱嗎??
2. UD在計算蛋白質結構是利用什麼原理??
  (可以由分生 or 物理的方面幫我做解答嗎,謝謝)
.......

您的問題很好也很深入
先建議到官網來瞭解一下他們建立這套系統的目的
http://www.grid.org/about/
以及他們的運作說明
您的問題在這邊都有基本的解答

我們所做的一切，應該解釋成"協助運算分析"
其工作內容並沒有細項說明 (說了也可能不懂)
有點像在幫慈濟募捐，用途細項我們不一定瞭解

簡單說就是做個善事嘛
歡迎一起努力喔

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我幫你回答第二個問題
他是用生物資訊的原理來跑
因為研究人員沒那麼多時間
做出一個個蛋白質
再一個個試驗
所以先用生物資訊跑出可能的蛋白結構
一般來說要做出一個抗癌藥
它必須要能抓到癌症細胞
而癌症細胞通常都有其特有的抗原(像鑰匙孔)
而我們在跑的蛋白質
就像個鑰匙
他跑的是計算蛋白質的角度
因為蛋白質都是由很多胺基酸組成
有些帶正電有些帶負電
所以雖然組成是相同的胺基酸
但是不同的胺基酸排列順序
就會影響整個蛋白質的結構
當你的UD計算到蛋白質某個結構可以當鑰匙
插進癌症細胞的鑰匙孔裡
就成功的第一步啦
接下來研究人員就要設法製造出這個蛋白質
在看看這個蛋白質有沒有毒性
接下來可以在這個蛋白質的某個地方
讓它接上葯劑
當這個蛋白質帶著藥劑進入身體時
蛋白質卡到癌症細胞時
藥劑就會釋放出來
這只是設法殺死癌症細胞而不傷到其他正常細胞的一種方法
其實還有更多方法
例如做個病毒(通常是找嗜菌體)
在病毒中加入藥劑
(附著在DNA或RNA或蛋白質上或是能把病毒殺死的序列)
而這種病毒只認得癌症細胞
當病毒碰到癌症細胞
就像注射一樣
咻~的一下
就把帶有藥劑的物質
注入癌症細胞啦
目前俄國醫院
已經可以成功利用這種方法
殺死許多具有抗藥性的細菌
以上的方法是我用學理猜的
我沒去看官網
不過應該是這樣

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感謝上面3位大大的回覆
我有上官網大致看了一下 不過沒發現要的答案
而smilemax大大 所以提供的資訊我已經知道了 我也是這麼想的
不過對於結構是如何去推測的部分我覺得比較納悶??

因為同樣的胺基酸序列會因為序列間鍵結的情況的不同 而產生不同的3D結構
由UD程式的畫面看起來似乎是已經知道該蛋白質大概的3D結構
再經由PC在去推算出更細部的結構 (這是我的想法，但也是疑問所在，如何推算??)
也就是說我們推算出的也只是可能的3D結構
那要如何知道結構的正確性呢??
是由UD軟體來鑑別嗎?? (我覺得比較不可能，因為UD的軟體很小，我想應該是做不到)
或是回傳到資料中心後 再由計劃單位來執行鑑別的動作呢??

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我查過，這方面的中文文獻真的很少
可能要再搜尋一下英文的部份 (無奈英文不這麼認得我 )

這問題希望有對這方面研究的朋友幫忙解答一下

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下面是引用Fanc於2006-05-10 09:45發表的 :
也就是說我們推算出的也只是可能的3D結構
那要如何知道結構的正確性呢??
是由UD軟體來鑑別嗎?? (我覺得比較不可能，因為UD的軟體很小，我想應該是做不到)
.......

要知道結構是否正確
當然是做實驗阿
畢竟機器算的
和現實還是有差異阿
我們知道的就是癌細胞的抗原
然後經由癌細胞的抗原我們推出較可能的胺基酸序列
然後算...複雜
最後算出來的可能結構交由研究人員實驗
最後的部分才是困難吧
而且算出來的蛋白質不一定能很穩固的抓住癌細胞的抗原

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轉貼自:http://tw.news.yahoo.com/060529/15/36pht.html
一項跨國的大型臨床試驗結果發現，透過新型標靶藥物的治療，罹患非何杰金氏淋巴瘤的年輕患者，3年存活率提高到9成以上，顯示淋巴瘤這種原本人見人怕的惡性腫瘤(新聞、網站)，已不再是絕症。

台北榮民總醫院腫瘤科主任陳博明指出，淋巴瘤總共有27種，並非每種都很可怕，像位於胃部的黏膜相關淋巴組織淋巴瘤，由於是感染幽門螺旋桿菌而引起，只要使用抗生素即可治癒。他說，既然目前只剩少數幾種難纏的淋巴瘤無法治癒，我們就沒必要再稱這種疾病為淋巴「癌」，只要稱之為淋巴「瘤」即可。

陳博明的樂觀看法並非隨便說說。不久前，德國薩爾大學醫學院內科主任麥克福隆修（Michael Pfreundschuh）剛完成一項包含18個國家的大型臨床試驗，就得到令人鼓舞的結果。

他把824名18~60歲、罹患中高惡性度的非何杰金氏淋巴瘤患者隨機分成兩組，一組只接受傳統的化學治療，另一組在傳統化學治療外，合併接受標靶藥物「莫須瘤」的治療。追蹤3年下來，只接受傳統化學治療那一組的3年存活率為84%，合併「莫須瘤」治療那一組則增為93%，兩組有統計學上的意義。

另在淋巴瘤完全消失這部分，追蹤3年也發現，接受傳統化學治療那組病患為68%，合併「莫須瘤」那組則為86%，也顯示出合併治療的效果較佳。

根據研究，「莫須瘤」合併化學治療的新型療法，對未滿60歲的中高惡性度淋巴瘤患者來說，代表的是較高的腫瘤縮小比率、減少惡化比率、延長治療失敗期、增加存活率和存活時間，目前德國醫界已在考慮將之納為常規治療。

陳博明說，淋巴瘤可分何杰金氏淋巴瘤及非何杰金氏淋巴瘤兩大類，包括台灣在內的東方國家以後者居多。就台灣而言，非何杰金氏淋巴瘤每年新增約1400名患者，復發病例則為280名左右。

他指出，「莫須瘤」這種標靶藥物的作用機轉，在於其所含的抗CD20抗體，只針對淋巴瘤B細胞上的CD20抗原作用，一旦和B細胞表面的CD20抗原結合，就會啟動免疫反應，引發毒殺作用，將腫瘤細胞殺死，而不傷及無辜的正常細胞。
「莫須瘤」一劑要價近5萬元，一個療程6劑打下來，患者得負擔近30萬的費用。所幸，今年3月起，中央健保局(新聞、網站)已開放未滿60歲淋巴瘤患者使用此藥的健保給付，對這群患者及其家屬來說，無疑是一大福音。

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