耳温枪的发明，虽然省去婴儿测量肛温的不便，但不少父母使用前并未详读说明书，导致操作错误或误解所测温度，徒增不少困扰。「为什么左耳温度量起来和右耳不同？」

「明明量起来已经三十八度，为什么医师说没发烧？」就是典型的问题。

　　要了解耳温枪的使用问题，必须先知道设计原理。耳温枪的研发与耳朵的位置有关，由于耳鼓、耳膜位于头骨内接近体温控制中枢「脑下垂体」位置，且充分得到颈动脉血流供应，若人体核心温度有任何变动，可立即由鼓膜温度表现出来，耳温枪就是以红外线测量自鼓膜释出的热能，获得正确温度。

　　不过，目前市售的耳温枪原设定温度分为口温及肛温两种，不同厂牌耳温枪设定温度也不同，一般腋温加上零点五度等于口温、口温再加零点五度才等于肛温；小儿发烧的标准为肛温摄氏三十八点三度以上，若耳温枪设定温度为口温，必须再加零点五度才等于肛温，许多家长可能就在未察觉其中差别，就认为孩子发烧了。

　　然而，也有家长反映，左右耳测得的体温不同。这可能与耳垢或操作技巧有关，耳温枪以红外线侦测，若耳内耳垢过多，可能干扰红外线反射，所得温度会略低；另外，耳温枪的置入必须顺着耳道方向，若置入角度有偏差，也会影响体温 侦测。家长要避免这类使用问题，最好先详读说明书，不需过于惊慌。