第一千零四十條
共同財產制關係消滅時，除法律另有規定外，夫妻各取回其訂立共同財產制契約時之財產。
這條文中的法律另 ..

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1.第1040條，共同財產制關係消滅時，除『法律另有規定外』...
例如：
（1）第1039條：夫妻之一方死亡時
（2）第1012條：變更約定財產制
（3）第1009～1011條等...
2.第1040條，共同財產制關係消滅時，除『法律另有規定外』包括第1039條，夫妻之一方死亡時的情形。也就說，『一方死亡，生存之一方不是先取回訂立契約時之財產，而是取得共同財產之半數』。
我想樓主可能將前提弄錯了，這兩條的前提是夫妻已經約定『共同財產制』。
1039條的意思應該是說，雖然約定夫妻雖約定共有財產制，在夫妻一方死亡的情形，仍有夫妻財產分配請求權的適用。
而1040條的意思是說，共同財產制關係消滅時有特別規定時先依特別規定，無其他規定，夫妻得各先取回特有財產（1040Ⅰ），之後再分配共有財產（1040Ⅱ）。

舉例來說：
甲乙為夫妻，結婚前甲有財產300萬，乙有財產100萬，兩人於98年結婚時約定為一般共有財產制，甲於99年中死亡，遺留財產為98~99年間勞力取得之財產100萬，乙另繼承財產500萬。假設，甲之繼承人僅有甲父、乙二人。

以這個例子來說，兩人之共有財產為1000萬
(1)
乙先取回婚前100萬，
餘900萬作夫妻財產分配再取得450萬
剩下450萬與甲父平分再取得225萬
所以一共取得775萬

(2) 1000萬之半數歸乙→取得500萬
半數與甲父平分→取得250萬。一共取得750萬。

哪個是對的呢，還是都錯了，亂了亂了...

1.法定財產制以婚前財產及婚後財產作為區分，但是夫妻共有財產制是以特有財產及共有財產作為區分。所以在本題中婚前財產沒有什麼實質意義。
2.乙繼承之500萬是否為特有財產？
依民法1031條之1第2項規定：以贈與人書面聲明為準。
3.所以如果乙受贈之遺產贈與人未書面聲明為乙之特有財產，則
  甲乙共有財產為1000萬，甲死亡後，500萬歸屬於乙，甲之繼承人為甲父、乙， 依民
  法1144條規定，甲父、乙各繼承250萬。
  所以甲父應繼承250萬，乙得主張750萬之權利。
4.如果乙受贈之遺產贈與人以書面聲明為乙之特有財產，則
  甲乙共有財產為500萬，甲死亡後，250萬歸屬於乙，甲之繼承人為甲父、乙， 依民
  法1144條規定，甲父、乙各繼承125萬。
  所以甲父應繼承125萬，乙得主張375萬之權利。

呃...再延續上面的例子問個問題，如果今天是甲乙兩人離婚，乙繼承之遺產也不是特有財產，離婚時怎樣主張權利呢？

是依第1040條，甲先取回300萬，乙取回100萬，剩下600萬再一人一半嗎?